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財政部21日核釋，營業人漏開統一發票或於統一發票上短開銷售額（以下合稱短、漏開統一發票），於法定申報期限前經查獲者（下稱系爭違章行為），同時該當加值型及非加值型營業稅法（下稱營業稅法）第52條及稅捐稽徵法第44條規定處罰要件，屬法條競合，前者為後者之特別規定，應依營業稅法第52條規定處罰。
財政部說明，營業稅法第52條規定，營業人系爭違章行為，應就短漏開銷售額按規定稅率計算稅額繳納稅款，並按該稅額處5倍以下罰鍰；另稅捐稽徵法第44條規定，營利事業依法規定應給與他人憑證而未給與，應自他人取得憑證而未取得，或應保存憑證而未保存者，應就其未給與憑證、未取得憑證或未保存憑證，經查明認定之總額，處5％以下罰鍰。營業人系爭違章行為，係違反營業稅法第32條第1項應依規定開立統一發票交付買受人之義務，同時該當上開二法條規定處罰要件，屬一行為（同一短、漏開統一發票行為）違反二個行政法上義務（開立統一發票及交付買受人），應進一步判斷有無法規競合問題，倘屬法規競合，則不再適用行政罰法第24條第1項規定「一行為不二罰」原則。
財政部進一步說明，考量稅捐稽徵法第44條所稱憑證，尚非以統一發票為限；至營業稅法第52條僅係就未依規定給與憑證行為中，屬系爭違章行為之態樣所為之處罰，適用範圍較前者小，爰就短、漏開統一發票之違章態樣而言，上開二法條有法規競合情形，後者屬前者之特別規定，依特別法優先普通法適用原則，應優先按營業稅法第52條規定處罰，尚不適用擇一從重處罰規定。爰該部78年7月24日台財稅第781148237號函（下稱78年函）釋系爭違章行為適用上開二法條規定可採從重處罰部分，允宜檢討，該部重新核釋如上，並廢止78年函，俾資徵納雙方依循。