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在組織及員額精簡前提下，整合行政院相關部會各項現有資源，以單一窗口之方式加強服務中部地區民眾，就近提供便捷之服務，並促進區域均衡發展，以參照行政院南部聯合服務中心設置模式，並考量中部地區特殊需求後予以設置「行政院中部聯合服務中心」。本中心爰於92年5月14日正式揭牌成立運作，以積極服務苗栗縣(市)、臺中市、南投縣(市)、彰化縣(市)民眾為施政目標而努力。
在業務運作模式上，除17合署辦公單位本中心扮演溝通、協調及整合之角色外，依中心設置要點規定，任務編組（屬內部組織；中心具指揮監督權限）設有國防組、交通組、原住民組、客家組、工商組（一、二、三）、農業組、教育組、文化組、內政組、財政組、衛福組、退輔組及科技組等；分組辦事；充分發揮溝通、協調與整合者之角色與任務。