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關務署於110年8月2日修正發布「自由港區事業自主管理作業手冊」，除配合科學園區設置管理條例修正，將「科學工業園區」修正為「科學園區」，以及配合科技產業園區設置管理條例修正，將「加工出口區」修正為「科技產業園區」外，並增修相關管理措施，以應業者營運需求並確保貨物移動安全。修正重點如下：
一、 自由港區事業委託區外廠商加工之國外貨品進口時，得於卸存地完成通關後逕運往區外廠商。
二、 自由港區輸往課稅區之進口貨物，發現損壞或規格、品質與原訂合約不符，由原自由港區事業賠償或調換者，免徵關稅。
三、 免稅貨物於存儲期間如已無商業銷售價值，得申請銷毀作業。
四、 國外貨物卸船機後運出港區門哨進儲同關區貨物卸存地者，憑海關核發之卸貨准單及特別准單辦理。
五、 自由港區事業進儲國外整裝貨櫃貨物，得申請免拆櫃進倉存儲於該事業之露天處所儲位，並應以自備封條或海關封條加封。
六、 為確保貨物移動安全，修正相關海關封條加封作業，及條列跨區移運貨物應申請海關派員押運之條件。
七、 為防杜利用自由港區進儲貨物偽標臺灣製造並借道我國違規轉運，影響我國整體貿易及經濟發展，增訂進儲自由港區貨物應遵守產地標示規範。
八、 貨櫃(物)於跨自由港區間、自由港區與海空港管制區間及自由港區內不同管制區間，應以專用運貨工具載運貨物。
高雄關表示，本次修正兼顧簡政便民及海關監管需要，籲請業者配合遵循，海關亦將秉持一貫服務精神，提供更便捷優質的通關環境，共同提升自由貿易港區營運效能，促進經濟發展。
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