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為利業者遵循自由貿易港區法規及海關執行業務，關務署於110年6月23日修正發布「自由貿易港區通關作業手冊」，精進自由貿易港區管理措施。本次修正要點如下：
一、 為確保自由貿易港區貨物安全，增列監控系統所需設備相關規範。
二、 委任報關除可辦理書面長期委任，增列亦得採線上逐案委任規定。
三、 增訂F1報單簽審比對不符致無法放行時之處理方式。
四、 增列自由貿易港區委託加工之國外貨品進口時，得於卸存地完成通關後逕運往區外廠商規定。
五、 增列自由港區事業之出口貨物得經海關核准移運緊鄰其港區貨棧之海運快遞貨物專區辦理通關之作業內容。
六、 增列自由港區輸往課稅區之進口貨物，發現損壞或規格、品質與原訂合約不符，其申請賠償或調換之作業規定。
七、自由港區事業原送之單位用料清表變更由審查制改為備查制。
八、增訂自由港區事業進儲國外整裝貨櫃貨物符合所定條件，得向海關申請免拆櫃進倉，以貨櫃存儲於自由港區事業之露天處所，並增列是類貨物帳務處理規定。
九、增列免稅貨物於存倉期限如已無商業銷售價值者，得向管理機關申請銷毀。
高雄關表示，本次修正兼顧簡政便民及海關監管需要，籲請業者務必遵循守法義務，共同提升自由貿易港區經濟發展，海關亦將秉持一貫服務精神，提供更便捷優質的通關環境。
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