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行政院長陳建仁今14日於行政院會聽取食品安全辦公室「蘇丹紅事件因應及強化措施」報告後表示，為重建國人食安信心，政府在邊境查驗方面，已對輸入辣椒乾及辣椒粉100%逐批查驗，他也責成衛生福利部於1個月內完成相關清查，並訂出在邊境源頭即時有效阻絕不法的管理方案；在後市場管理方面，除加強稽查強度外，也請食品業者加強自主檢驗。院長指出，行政院明(15)日將邀集相關部會及地方衛生單位召開食安整合會議，研討精進食安強化措施，而他也責成李孟諺秘書長儘速召集相關部會研議成立「食安檢驗基金」，持續為國人食品安全嚴格把關。
陳院長表示，進口辣椒粉檢出蘇丹紅事件，衝擊層面甚廣，影響民生甚鉅，衛福部及各地方政府已儘速溯源追查問題產品的流向，並下架封存辣椒粉及其相關產品，避免違規產品在市面流通。此外，為使相關資訊透明，利於各界妥為因應，衛福部已成立「辣椒粉檢出蘇丹色素不合格專區」，動態公布並更新違規業者及不符合原料下游業者名單、產品名稱等相關資訊，並與檢察機關合作，啟動「打擊民生犯罪聯繫平臺」積極查察，對於業者不法行為從嚴究責，實查嚴辦。
陳院長強調，這次事件是一起重大的系統性食品安全事件，顯示臺灣目前食安管理系統，包括邊境查驗、後市場稽核、業者自主管理通報，以及所建構的追蹤追溯系統等措施，都有必要嚴實檢討、儘速補強改善，請相關部會立即切實檢討改進。
陳院長進一步指出，在邊境查驗方面，政府已對於所有國家輸入辣椒乾及辣椒粉進行100%逐批查驗，以及源頭溯源防堵，避免蘇丹紅再次被用於各項下游食品的生產製造。本次事件調查過程中所發現邊境諸多管理不足之處，包含對於食品驗出違法物質未確實自主通報，或預謀犯罪的不肖業主登記多家公司等經營違反食品安全的業務。有鑑於此，請衛福部務必於1個月內完成相關清查，並訂出在邊境源頭即時有效阻絕不法的管理方案，落實執行，避免再次發生類似情事。
在後市場管理方面，陳院長表示，除了加強稽查強度，也需要食品業者嚴以自律並加強自主檢驗，確認原料的安全性。若有異常情況發生，應即時主動通報各地方衛生主管機關。
陳院長表示，行政院在本週五(15）日將邀集相關部會及地方政府衛生單位，共同召開食安整合會議，就本次事件後續的食安強化措施研討精進，務必於本(3)月底前完成。另外，院長也責成李孟諺秘書長儘速召集相關部會研議成立「食安檢驗基金」，未來將透過政府管理、產業自律及民間參與等三方協力合作，放大食品安全管理效率，持續為國人食品安全把關。