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一、教育部尊重兩岸教育交流，但須確保學術自由及兩岸平等互惠交流，並且不能違背臺灣地區與大陸地區人民關係條例立法精神。教育部表示倘自106年3月通函後，有大學校院未依兩岸條例第33-3條報部卻擅自簽署兩岸校際合作書約，教育部將會主動查處，並依兩岸條例第90-2條規定予以裁罰 (新臺幣1萬元以上50萬元以下罰鍰。)
二、教育部於106年3月發函調查發現國內有72所大專院校簽署承諾書及聲明書，為陸方未報核書面文件，非兩岸交流必要條件，且內容限制講學空間，影響學術自由，已違背臺灣地區與大陸地區人民關係條例立法精神，惟當時考量學校出具相關書面文件係多年來的普遍現象，顯示對法規認知及解讀有所偏差，故教育部前於106年3月20日先予發函糾正，並告知嗣後若有違反規定者將依兩岸條例第90條之2規定進行裁罰。
三、教育部另於106年3月21日通函各大學校院重申兩岸校際交流應依臺灣地區與大陸地區人民關係條例(兩岸條例)第33條之3規定辦理，校際簽署之書約應於簽約前1個月報部審查；自通函後如有承諾書等相關文件，皆視為協議之附件，亦需依程序報部審查。
四、自106年後，教育部依據兩岸條例規定及通函意旨，針對大學校院所報兩岸校際合作書約，均會偕同大陸委員會等相關部會共同嚴予審查，俾符合兩岸法規及政策方向；如書約涉有違反法令或不當政治性意涵等情事，教育部均不予同意。