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臺北關表示，因應本土疫情持續嚴峻，指揮中心自5月19日起至5月28日止提升全國疫情警戒至第三級，並於5月25日宣布延長至6月14日，該關依據三級警戒的9大防疫指引，辦理相關防疫措施，並加強宣導同仁與相關業者確實遵守防疫規定，共同努力維護國人健康。
1.外出時全程配戴口罩。
2.避免不必要移動、活動或集會。
3.停止室內5人、室外10人以上的家庭聚會（同住者不計）和社交聚會。
4.自我健康監測（有症狀應就醫）。
5.營業場所及洽公機關：落實人流管制，戴口罩、保持社交距離。
6.職場及工作處所：遵守企業持續營運指引之防疫規定，落實個人及工作場所衛生管理，啟動企業持續營運因應措施（例如：異地、遠距辦公、彈性時間上下班）。
7.餐飲場所：應遵守實聯制，一律改採外帶。
8.婚、喪禮：應落實實聯制、社交距離並加強清消。
9.公共場域、大眾運輸加強清消。
臺北關進一步表示，為不影響業務運作，該關啟動同仁分區(異地)辦公及彈性上下班機制，減少同仁群聚接觸及感染之風險。該關呼籲，疫情期間，為期能維持入出境旅客及進出口貨物通關作業正常運作，請民眾及報關業者多利用線上申辦，如需親臨該關洽公，除應配戴口罩外，亦請配合管制人員量測體溫並落實實聯制。由於嚴重特殊傳染性肺炎(COVID-19)疫情全球蔓延，網購快遞貨物更加成長，請民眾多利用手機下載「EZ WAY 易利委」APP進行實名認證，保護個資安全及加速貨物通關。
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