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衛生福利部(以下簡稱衛福部)於109年10月6日以衛授食字第1091302247號令發布訂定之「食品中微生物衛生標準」，即將自本(110)年7月1日起實施，屆時市售產品均應符合新的管理標準。該標準已重新將食品區分為七大類，並參採國際管理趨勢，優先將「乳及乳製品類」及「嬰兒食品類」之規定納入採樣計畫，並增訂部分指標性病原菌，以取代傳統之衛生指標菌，未來將使我國針對食品微生物之管理及監測結果，更具風險代表性。
為了配合該標準之實施，現有重複規範之衛生標準，將同步配合調整，說明如下：
一、廢止「乳品類衛生標準」、「罐頭食品類微生物衛生標準」、「冰類微生物衛生標準」、「嬰兒食品類微生物衛生標準」、「冷凍食品類微生物衛生標準」、「包裝飲用水及盛裝飲用水微生物衛生標準」、「飲料類微生物衛生標準」、「生食用食品類衛生標準」、「生熟食混合即食食品類衛生標準」及「液蛋衛生標準」。
二、修正「一般食品衛生標準」，刪除第5條有關微生物之限量規定，該修正案業於109年12月10日以衛授食字第1091303587號令發布，並自110年7月1日起實施。
另外，因應納入採樣計畫，可能遇有因特殊情況導致採足樣品之困難等問題，食品藥物管理署(以下簡稱食藥署)另已循程序公布「食品中微生物衛生標準採樣計畫之採樣原則指引」，針對採樣疑義提供指導，該指引可至食藥署網站「(http://www.fda.gov.tw)/法規資訊/食品、餐飲及營養類」中查詢下載。