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為維持防疫體系運作，有關COVID-19公費疫苗接種，中央流行疫情指揮中心將防疫人員與醫護人員均列在優先施打對象，第二類中央及地方政府防疫人員包含對象為：「維持防疫體系運作之中央及地方政府重要官員」、「衛生單位第一線防疫人員」、「港埠執行邊境管制之海關檢查、證照查驗、人員檢疫及動植物檢疫、安全檢查及航空安全等第一線工作人員」等。
本署係負責防疫業務之重點機關之一，負責國外進口疫苗之檢驗封緘、防疫醫療器材、防疫物資之審查檢驗、口罩之配發、港口、機場邊境查驗、疫苗之審查等等，且本署同仁包含編制內人員685人、編制外人員1,109人，合計1,794人。因此，本署為維持防疫量能，提報指揮中心疫苗施打順序第二類造冊者有1,356人，實際接種人數有1,089人，實際接種占本署總人數約61%。
因應COVID-19疫情，為維持本署防疫量能，同仁儘速施打疫苗有其重要性，且本署於110年5月22日、5月25日及5月28日陸續接獲同仁確診，至5月底已累積有三名同仁確診，防疫如同作戰，防疫人員首要有防護能力，始能並肩作戰，為避免疫情擴散、人力中斷，執行防疫物資檢驗、疫苗檢驗、邊境查驗等各項防疫業務受阻，影響防疫業務正常運作，故本署有疫苗施打之必要性及急迫性。