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有鑑於臺灣國內疫情升溫，疫苗施打成為海內外國人關注的話題，考量疫苗接種涵蓋率是充分發揮防治效益的關鍵因素，指揮中心強調，考量疫苗接種涵蓋率是充分發揮防治效益的關鍵因素，爰以涵蓋臺灣人口之65%為規劃，預計為1,500萬人接種，以每人2劑估算，需3,000萬劑疫苗。目前已完成採購COVAX、AstraZenca及Moderna疫苗約2,000萬劑；另衛福部於5月28日與國內高端疫苗生物製劑有限公司及聯亞生技開發公司簽約，各採購500萬劑，並視未來疫情需求，納入後續擴充，爰加計國產疫苗1,000萬劑，總計可達3,000萬劑。
配合疫苗保存期限及疫苗施打速度，截至5月28日止，衛福部已取得約87.66萬劑疫苗，分別為3月3日到貨AstraZenca疫苗11.7萬劑、4月4日到貨AstraZenca疫苗19.92萬劑、5月19日到貨AstraZenca疫苗41.04萬劑、5月28日到貨Moderna疫苗15萬劑；另外，在六月中預計也將陸續有約500萬劑上述疫苗送達臺灣，兩劑施打間隔分別為Moderna約一個月，至AstraZenca約八週。
近來，對於有企業、宗教或社會團體表示願意出資購買海外原廠疫苗捐贈政府使用，政府均表達高度感謝與肯定。指揮中心表示，疫苗的輸入申請，有嚴謹的條件與規定，除了應有原廠的授權，也必須依照衛福部食藥署召開專家會議審查，並遵循政府政策，由中央政府與原廠簽約採購並統籌分配執行。
因應疫苗將陸續到位並開放接種，國產疫苗也即將加入供應，因此，行政院唐鳳政務委員與疾管署等相關單位也規劃整合「健保快易通」APP等現有系統，預計於六月下旬推出「COVID-19公費疫苗接種預約平台」，方便民眾預約接種。此外，為增進民眾接種疫苗可近性，衛福部也規劃設置具規模之疫苗接種站，同時招募更多退休醫護人力並鼓勵基層診所人力共同加入，由地方衛生單位結合護理國家隊、醫院及基層診所醫護人力，共同或輪班提供接種服務，加速接種疫苗之速度，期盼提高民眾接種意願，保障國人健康。