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財政部於2日核釋，加值型及非加值型營業稅法(下稱營業稅法)第8條第1項第4款、第5款、第10款及第11款所稱政府，包括政府行政機關及中央行政機關組織基準法(下稱組織基準法)第3條第3款規定之機構；上開各款所定政府委託代辦之勞(業)務，應以政府基於職能所應為並由政府直接委託代辦者為限。
財政部說明，營業稅法第8條第1項第4款、第5款、第10款及第11款規定，政府委託代辦之社會福利勞務、文化勞務及委託合作社、農會、漁會、工會、商業會、工業會代辦之業務，免徵營業稅(以下合稱系爭規定)；至前開規定所稱「政府」，該部88年1月29日台財稅第881895307號函(下稱88年函)核釋，指政府行政機關，其屬政府投資之公營事業以及政府機關所屬商業性機構，均不包括在內。
財政部進一步說明，99年2月3日修正公布組織基準法第3條，除保留原「機關」、「獨立機關」定義並刪除「附屬機關」外，另增訂「機構」定義，指機關依組織法規將其部分權限及職掌劃出，以達成其設立目的之組織；另同法第16條規定，機關於其組織法規規定之權限、職掌範圍內，得設附屬之實（試）驗、檢驗、研究、文教、醫療、社福、矯正、收容、訓練等機構；機構之組織，準用組織基準法之規定。依上，組織基準法規定之「機構」，其權限及職掌原係所屬機關之一部分，爰其本質可認屬機關之延伸。該部舉例，依「衛生福利部老人身心障礙兒童及少年福利機構組織準則」，衛生福利部為辦理老人業務及依法執行相關福利事項，特設四級機構老人之家。
財政部表示，系爭規定所稱「政府」，88年函釋僅限政府行政機關而不含機構，將使受託提供系爭規定勞務之營業人，須視委託人為「機構」或「政府行政機關」而有營業稅徵(機構徵稅)、免(政府行政機關免稅)不同之租稅待遇，因應社經環境變遷需要及政府組織調整，系爭規定所稱「政府」，應包含組織基準法第3條第3款規定之機構；另併予核釋系爭規定所定政府委託代辦之勞(業)務，應以政府基於職能所應為並由政府直接委託代辦者為限，以資明確；同時廢止88年函。