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3月28日部分媒體轉述中國海關總署表示「我業者輸銷中國註冊文件不符合原因，係輸出產品不能有原物料來自福島等，且有告知食藥署，但先前食藥署未告知」等云云，食藥署嚴正駁斥並請中國海關總署須對我業者說明事實。
食藥署表示，中方2022年3月9日通知，我方業者須提供原料來源地資訊，並檢附產品原料均非來自日本10縣(都)之聲明。因中方未提供該聲明格式，為避免業者無所適從，食藥署當時立即撰擬「產品原料來源地及非來自日本 10 縣(都)聲明」範例(如附件)，且併同註冊作業流程及問答集，公布於食藥署輸中食品專區。中國海關總署註冊訊息網頁現公布我方業者核准狀態為有效者，均依範例提交產品原料來源地及非來自日本10縣(都)聲明予中方審查。
食藥署強調，收到業者註冊文件，確認註冊文件（含「產品原料來源地及非來自日本 10 縣(都)聲明）齊全後，即透過海峽兩岸食品安全協議窗口遞送予中國海關總署；倘註冊文件有缺漏，均會通知業者補齊。
食藥署重申，針對中方通知我方註冊申請相關事宜，食藥署均於第一時間公布周知業者，且確認業者文件齊全後，始遞送予中方審查。期待中方公平對待我方業者，與其他國家採取相同的註冊申請方式和審查標準。