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為監測細懸浮微粒(PM2.5)，環保署自94年起以自動儀器監測，目前全國77個空氣品質監測站均設有PM2.5自動監測儀器，每小時提供最新資訊。由於自動監測容易受大氣溫溼度、化學成分等干擾，產生誤差，因此空氣品質是否達標係以標準方法（手動）為判定依據，並於101年12月起使用標準方法監測PM2.5，現在共有31站。環保署表示，儀器監測作業均依原廠運轉程序執行，自動儀器數據亦顯示貼近標準方法測值，未來會持續精進管理維運，提升儀器監測效能及確保數據品質，提供民眾準確的監測資訊。
由於PM2.5包含二次生成污染物，成分複雜，不同時間、地區量測變異大，且無標準品可供校準，即時量測具一定的困難度。而自動儀器與標準方法為不同量測原理，受大氣溫溼度、化學成分等交互干擾，二者結果存在系統性差異，環保署測站儀器係採用經美國環保署證認證(FEM聯邦等似方法)等級儀器，於108年9月全面上線監測，109年1月至2月期間，首次在臺灣潮濕冬季環境量測，當揮發性成分占比高時，容易與標準方法呈現高估或低估的差異。多數低估情事多發生在109年1月至2月間，且因去年空氣品質佳，發生紅色警示測站多僅1至2日，因此，容易因少數低估而出現紅色警示消失。109年3月後儀器穩定運轉，自動監測與標準方法差值有96%在 4 μg/m3 管控範圍內，符合國際品管水準。
統計109年PM2.5自動儀器與標準方法的年平均濃度分別為14.2μg/m3、14.1μg/m3，兩者僅相差0.1μg/m3。自動監測儀器並無顯著低估現象。再由今(110)年1、2月監測資料顯示，自動監測為橘色提醒以上計有108站日，大於標準方法監測97站日，可提供即時預警參考。