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離島地區因國民旅遊大爆發，產生大量垃圾，特別是蘭嶼及綠島等離島。環保署指出，離島地區做好垃圾源頭減量工作，推動多元化垃圾處理例如設置廚餘再利用設施、垃圾機械分選後燃料化等是目前解決問題的方案。
環保署表示，日本中小型焚化爐，事實上為鍋爐型式，係為專用燃料設計，不適合「混燒」操作條件，而需經相當垃圾前處理，特別是將不適燃及不可燃垃圾篩選出。垃圾經由燃料化程序後，以較高熱值進入鍋爐，產生熱能及轉換電能提供鄰近生活設施，日本經驗主要提供推動垃圾燃料化後續去化參考。因此，環保署未主張離島興建中小型焚化爐，並尊重地方政府籌設自主處理設施。
垃圾燃料化是國際趨勢且技術已成熟，垃圾經由分選前處理，能將有機物及不適合燃燒的物質約30~40%篩選分離，剩餘適合燃燒物質將產製成燃料，大幅減少污染與舒緩離島地區垃圾轉運代處理之去化壓力。
環保署表示，離島地區因觀光客爆增，除短期將持續優先協調轉運的急迫性需求外並輔導籌設自主處理設施，而地方政府應積極推動綠色觀光，加強宣導遊客配合資源回收及源頭減量，以減輕垃圾處理的壓力，目前也與地方政府合作推動減少一次性用品、廚餘回收，例如「奉茶行動」、「環保琉行杯」及「廚餘堆肥再利用」等措施，以維護美麗的生態環境與國旅品質，讓民眾安心旅遊。