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中央流行疫情指揮中心今(2)日表示，為鼓勵合約醫療院所協助辦理COVID-19疫苗大規模接種作業，配合提供民眾免費疫苗接種服務及相關接種政策，除每劑次補助100元接種處置費外，亦提供「COVID-19疫苗合約醫療院所免費提供民眾接種服務獎勵措施」，項目包含按接種人次提供獎勵、醫療院所達每月目標接種人次提供接種獎勵及再加給績效獎勵等。指揮中心已陸續撥付COVID-19疫苗接種處置費及獎勵費，截至目前，已撥付約新臺幣67.6億元。
指揮中心說明，有關COVID-19疫苗接種處置費，已撥付各合約醫療院所及衛生所至110年12月底之費用，總計約34.7億元。合約醫療院所執行COVID-19疫苗接種按接種人次提供獎勵，亦已撥付各合約醫療院所至110年12月底之費用，總計約29.5億元。另COVID-19疫苗接種每月達目標人次接種獎勵採每季撥付，已撥付至110年11月份至費用總計約3.4億元(其中包含診所為2.4億元，地區醫院、區域醫院及醫學中心共1億元)。
指揮中心強調，各期疫苗接種處置費及獎勵費，係由全國3000餘家合約醫療院所上傳全國性預防接種資訊管理系統之資料核算，由於接種資料龐大，後續須依各該執行接種作業之醫療院所醫事機構代碼，並檢核排除非合約醫療院所、異常或重複之接種資料後，始能進行核算及撥付作業，爰無法立即撥付處置費及獎勵費。為避免因異常接種資料之多重修正作業及核算，亦請地方政府衛生局督導合約醫療院所進行接種作業前應先行檢查系統之設定，於每日上傳接種資料應先行檢視接種單位及使用批號正確無誤再執行每日上傳接種資料等作業，提升民眾接種資料之正確性。