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因應國內嚴重特殊傳染性肺炎疫情，為落實大專校院110學年度開學後各項教學及活動等防疫工作，確保教職員工生健康，教育部訂定「大專校院110學年度因應嚴重特殊傳染性肺炎防疫管理指引」，並於9月7日經指揮中心核定。指引相關內容摘述如下：
一、教學及授課方式：學校如採實體授課，應符合下列辦理原則，否則採線上授課：
(一)室內維持安全社交距離(2.25平方米/人)且人數上限80人。
(二)採固定座位、固定成員方式進行，並落實實聯制。
(三)上課時師生應全程佩戴口罩且落實手部消毒，上課期間禁止飲食。
(四)教室應保持通風良好及定時清消。
二、課程以外之集會活動：人數上限為室內80人、室外300人，若超額須提報防疫計畫報請地方主管機關核准後實施。
三、校園健康監測：進入學校全面量測體溫、實聯制、全程佩戴口罩；學校得視需要加強相關防疫措施，但不得以PCR篩檢或快篩作為學生入學資格限制。
四、環境及清消管理：教室應保持室內通風良好並提升清消頻率。
五、校園空間開放：應落實實聯制、體溫量測及全程佩戴口罩。
六、校園餐飲：落實實聯制、用餐區設置隔板、環境清消、保持社交距離。
七、學校宿舍：落實門禁管制、體溫測量、專人關懷、衛教宣導、防疫物資補充、定期消毒、維持通風、保持社交距離或佩戴口罩。
八、居家檢疫期滿後自主健康管理：不宜進入校園上課或前往人群聚集之處；如要入住校內宿舍，應安排獨層且一人一室之宿舍，如衛浴設備為共用，請規劃分流、分時段使用，並落實清消。
教育部呼籲，學校得視需要加強校園相關防疫措施；另教育部將依指揮中心公告之疫情發展狀況，滾動修正本管理指引，亦將不定期抽查學校相關防疫管理之執行情形。