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為改善原住民保留地超限利用地問題，減緩土石沖刷及減少土石流等天然災害發生，以發揮森林穩定地質、國土保安，維護部落之生命財產安全，本中心業於108年度提報原住民保留地違規利用處理計畫，並受原住民族委員會核定經費補助辦理在案。本計畫針對非原住民非法占用國有原住民保留地違規利用情形優先處理，同時積極輔導原住民設定他項權利並改正復育造林，俾恢復既有林地生態之完整性，以永續經營理念為手段，期以發揮森林穩定地質、國土保安及環境生態等公益效果。
本中心執行108年度違規利用處理計畫案件共計98筆(私有土地計21筆、國有土地計77筆)，經本中心會勘並依計畫規定積極輔導使用人改正後，已改正無違規利用情事者共計81筆，其餘尚未完成之17筆將持續列入109年度計畫，積極輔導使用人停止違規行為，以符法制。
依規林業用地應從事林業使用，不得作農業經營及建築等行為。民眾若持有林業用地，且從事農業經營行為，得檢視是否符合變更編定為農牧用地之要件，若符合規定可向行政院農業委員會水土保持局提出可利用限度異議復查之申請，變更編定為農牧用地，以免違反水土保持法、森林法及建築法等相關規定。