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勞動部指出，本次院版性別工作平等法修正草案已明定，雇主不論是否接獲正式申訴，均有應盡之防治義務，即使沒有接獲申訴，亦須就相關事實進行必要之釐清，對工作場域做適當的調整。依照不同的情況，明確界定所應採行之「立即有效糾正及補救措施」。另增定雇主接獲受僱者申訴職場性騷擾，應通知地方主管機關；經雇主調查認定屬性騷擾的案件，亦應將處理結果通知地方主管機關。
勞動部表示，修法若通過，在職場中，最高負責人有性騷擾行為，勞工可直接向地方主管機關申訴，經調查屬實，即裁罰行為人，可處新臺幣1萬元至100萬元罰鍰。勞工已向雇主提出申訴，不服雇主之調查或懲戒結果，亦可直接向地方主管機關再申訴，經地方主管機關認定，得命行為人之雇主採取必要之處置。又，對於利用權勢進行性騷擾的行為人，被害人得請求損害額最高可至5倍之懲罰性賠償金。
此外，對於被害人保護及扶助部分，行政院版亦明定雇主應提供或轉介被害人相關諮詢、醫療、心理諮商或社福資源等必要服務。政府也會提供相關協助。
勞動部進一步表示，本次修法，行政院版草案已針對現行法制不足之處全面檢討，明確規範職場性騷擾管轄範圍、建立外部公權力申訴調查機制、增訂處罰規定、簡化申訴流程及提供相關協助資源，遏阻職場性騷擾事件發生，並完善被害人保護及扶助，不漏接所有被害人。
勞動部最後說明，行政院版法案將與立法院各版本共同由立法院進行審議，勞動部將向立法委員充分說明，並尊重立法院最後審議結果。