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依據中央氣象署資料，第14號小犬颱風3日接近臺灣南部海面及巴士海峽，上午11時30分發布陸上颱風警報，受颱風外圍環流影響，北部、宜蘭、桃竹苗山區、花蓮北部有局部大雨等級降雨發生機會，明日起東半部及中南部山區可能有大豪雨以及10-14級陣風，且陸上警報預計持續至10月6日凌晨，需嚴加防範。農業部昨日已要求各單位完成各項防災整備作業，今日農業部災害緊急應變小組范副指揮官美玲特別召開應變工作會報，請各單位持續掌握颱風情資，並將土石流等警戒資訊及農產業防災提醒，確實提供各縣市政府、鄉鎮公所與農漁民，亦請各產業單位掌握可能受影響的作物，啟動即時應變機制，務必做好萬全的整備，將災害減到最低。
在漁業方面，漁業署對於海面航行及作業船隻已請漁業電臺加強廣播，提醒應嚴加戒備，並已與相關縣市政府保持聯繫，做好船員上岸避風作業準備；另適逢大潮，漁業署也會加強留意潮位變化，提醒沿海低窪地區養殖業者注意防範，並持續與警戒區域內地方政府及養殖漁業團體密切聯繫，避免災情發生。
在坡地災害警戒部分，農村發展及水土保持署隨時掌握氣象資訊及實際降雨情況，將適時發布土石流或大規模崩塌紅、黃色警戒，並持續加強督導地方政府、鄉鎮市區公所依照各項標準作業流程，落實保全對象預防性疏散撤離整備工作。
另外，適逢前後兩個連續假日週間，為防止民眾入山受困，林業及自然保育署密切掌握山區遊客人數，且儘早預判天候條件，評估停止入山申請與發布森林遊樂區休園資訊。
為減少小犬颱風帶來的災情，農田水利署配合經濟部水利署做好防淹水的作業，並於颱風來襲時間陸續注意北部、東部及中南部地區灌排、掌握清淤工作，積極解決農業產區排水問題；針對轄管農業水庫如有調節性洩洪需求，將依相關規定辦理，並於洩洪前廣播予鄰近區域民眾知悉，確保安全。
農業部強調，農業部各單位已完成各項防災整備作業，對於後續可能災損情況將迅即掌握，加速天然災害救助品項、地區公告等作業；目前各項農畜水產品量價尚穩定，籲請已達採收適期的作物加速採收，相關產業單位也會密切掌握各項產品的市場價格波動，充分供應，必要時加強相關調節機制，穩定供需與確保民眾消費權益。
另，近期歷經杜蘇芮、卡努、海葵颱風等災情，農業部已持續整合所屬各機關及試驗改良場所量能，成立農業重建小組，就恢復農業生產環境、復耕復養、投入資金支持等面向，全力投入復原工作。
恢復農業生產環境部分，農水署已完成刣牛坑圳、楓子林圳、三條崙圳、豐年圳、日南圳、九張犁圳、苑裡圳第24、第21進水口、九芎林圳、守城份圳共計10處導水土堤復原，以及關山圳4K+084~4K+154.7搶修完成。林業署針對奧萬大聯外道路已全線搶通。農村發展及水土保持署完成七縣市確認並提報農路災害復建工程共計729件21億8,798萬8,000元，以及水土保持災害復建工程共計142件5億6,393萬元。為加速復耕復種，農業科技司通知各場所啟動海葵颱風復耕技術服務團，各場所技術服務專線立即上線，並派員出團服務，提供專業諮詢935人次。