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財政部關務署表示，自由貿易港區（下稱自由港區）貨櫃（物）跨區運送已建立雙軌運作管理制度，除以原有之專用車隊載運外，亦可使用保稅運貨工具運送。
關務署說明，交通部於111年8月17日修正自由貿易港區申請設置辦法第6條規定，將自由港區貨櫃（物）運送控管機制增納關稅法規定之保稅運貨工具，亦即自由港區與其他自由港區或海空港管制區間之貨櫃（物）運送，除以自由港區專用車隊加封載運外，亦可使用向海關登記之保稅運貨工具，業者得依需求擇一採用。
關務署進一步說明，該署已配合於112年2月14日修正自由貿易港區貨物通關管理辦法第4條，並公告修正關港貿作業代碼二十五、放行附帶條件代碼「8」意義為「自由港區專用運貨工具運送（專用車隊或專用貨箱）或保稅運貨工具」，相關修正公告亦已函知各公協會，並置於該署官網首頁(https://web.customs.gov.tw/)之業務公告項下，惟近來發現部分貨櫃集散站業者不知有上開修正規定，該署已立即請所屬各關積極向業者再次宣導，歡迎業者多加參考運用。